司馬遷生卒年代，史無明文。近人王國維《太史公行年考》認(rèn)為司馬遷生于漢景帝中元五年(前145年，大約卒于漢昭帝始元元年(前86年)，享年56歲。據(jù)說司馬遷家自唐虞至周，都是世代相傳的歷史家和天文家。司馬錯是秦惠王時伐蜀的名將，司馬昌是秦始皇的鐵官，到了司馬遷的父親司馬談，又做漢武帝的太史令，恢復(fù)了祖?zhèn)鞯氖饭俸銟I(yè)。
司馬遷的少年時代，“耕牧河山之陽”。司馬遷在這“山環(huán)水帶，嵌鑲蜿蜒”(《韓城縣志序》)的自然環(huán)境里成長，既被山川的清淑之氣所陶冶，又對民間生活有一定體驗。
十歲，司馬遷隨父親至京師長安，得向老博士伏生、大儒孔安國學(xué)習(xí);家學(xué)淵源既深，復(fù)從名師受業(yè)，啟發(fā)誘導(dǎo)，獲益不淺。這個時候，正當(dāng)漢王朝國勢強(qiáng)大，經(jīng)濟(jì)繁榮，文化興盛的時候，張騫奉使通西域，衛(wèi)青、霍去病大破匈奴，漢武帝設(shè)立樂府……;也是司馬遷在京城里豐富見聞，熱情迸發(fā)的時候。
大約二十歲，司馬遷開始外出游歷——“南游江、淮，上會稽，探禹穴，窺九疑，浮于沅、湘，北涉汶、泗，講業(yè)齊、魯之都，觀孔子之遺風(fēng)，鄉(xiāng)射鄒、嶧，厄困鄱、薛、彭城，過梁楚以歸�！被氐介L安以后，做了皇帝的近侍郎中，隨漢武帝到過平?jīng)�、崆峒，又奉使巴蜀，他到得最南邊是昆明�?
元封元年(前110年)，漢武帝舉行大規(guī)模的巡行封禪，步騎十八萬，旌旗千余里，浩浩蕩蕩。司馬遷的父親司馬談是史官，本應(yīng)從行，但病死在洛陽。司馬遷接受了父親的遺志，趕到泰山，參加封禪，隨后沿著東海，繞道長城塞外回到長安。
元封三年(前108年)，司馬遷三十八歲時，正式做了太史令，有機(jī)會閱覽漢朝宮廷所藏的一切圖書、檔案以及各種史料的機(jī)會，他一邊整理史料，一邊參加改歷。等到太初元年(前104年)，我國第一部歷書《太初歷》完成，他就動手編寫《史記》。
天漢二年(前99年)，漢武帝派貳師將軍李廣利帶兵三萬，攻打匈奴，打了個大敗仗，幾乎全軍覆沒，李廣利逃了回來。李廣的孫子李陵當(dāng)時擔(dān)任騎都尉，帶著五千名步兵跟匈奴作戰(zhàn)。單于親自率領(lǐng)三萬騎兵把李陵的步兵團(tuán)團(tuán)圍困祝盡管李陵的箭法十分好，兵士也十分勇敢，五千步兵殺了五六千名匈奴騎兵.單于調(diào)撥更多的兵力，然而仍然無力與李陵相抗衡。就在單于準(zhǔn)備退軍之時，李陵手下有一名士兵叛變，將李陵內(nèi)部軍情告發(fā)。告訴單于李陵后面沒救兵，而且教單于部下制作連-發(fā)連射的弓箭。單于于是繼續(xù)與李陵作戰(zhàn)。最后李陵寡不敵眾，只剩了四百多漢兵突圍出來。李陵被匈奴逮住，投降了。
大臣們都譴責(zé)李陵不該貪生怕死，向匈奴投降。漢武帝問太史令司馬遷，聽聽他的意見。
司馬遷說：“李陵帶去的步兵不滿五千，他深入到敵人的腹地，打擊了幾萬敵人。他雖然打了敗仗，可是殺了這么多的敵人，也可以向天下人交代了。李陵不肯馬上去死，準(zhǔn)有他的主意。他一定還想將功贖罪來報答皇上�！�
漢武帝聽了，認(rèn)為司馬遷這樣為李陵辯護(hù)，是有意貶低李廣利(李廣利是漢武帝寵妃的哥哥)，勃然大怒，說：“你這樣替投降敵人的人強(qiáng)辯，不是存心反對朝廷嗎?”他就把司馬遷下了監(jiān)獄，交給廷尉審問。司馬遷被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄以后，案子落到了當(dāng)時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴(yán)刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對酷吏，他始終不屈服，也不認(rèn)罪。司馬遷在獄中反復(fù)不停地問自己“這是我的罪嗎?這是我的罪嗎?我一個做臣子的，就不能發(fā)表點意見?”不久，有傳聞?wù)f李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。第二年漢武帝殺了李陵全家，處司馬遷以宮刑。腐刑是個大辱，污及先人，見笑親友。司馬遷在獄中，又備受凌-辱，“交手足，受木索，暴肌膚，受榜棰，幽于圜墻之中，當(dāng)此之時，見獄吏則頭搶地，視徒隸則心惕息。”(司馬遷《報任安書》)幾乎斷送了性命。他本想一死，但想到自己多年搜集資料，說：“人固有一死，或重于泰山，或輕于鴻毛�！�。要寫部有關(guān)歷史書的夙愿，因此為了完成《史記》的寫作，忍辱負(fù)重，茍且偷生，希圖出現(xiàn)一線轉(zhuǎn)機(jī)。
太始元年(前96年)漢武帝改元大赦天下。這時司馬遷五十歲，出獄后當(dāng)了中書令，在別人看來，也許是“尊寵任職”，但是，他還是專心致志寫他的書。直到征和二年(前91年)全書完成，共得130篇，52萬余言。